洁净实验室供暖、通风和空调系统是洁净实验室设计的核心部分，选择单向流（层流）或乱流（非单向流）设计。单向流可使洁净空气在实验室内平行流动，有效去除微粒和微生物，适用于对洁净度要求较高的区域；乱流则通过多次循环换气来保证空气洁净度，适用于一般洁净实验室。
明确划分洁净区、缓冲区、污染区等，确保各区之间互不干扰。例如，可将实验操作区设置为洁净区，人员和物料的进出通道设置为缓冲区，实验废弃物处理区设置为污染区。在不同区域之间设置物理隔离，如采用气密门、传递窗等，防止空气和污染物的交叉流动。
设计合理的人员和物料流动路线，避免人流和物流的交叉。可以设置专门的人员通道和物料通道，人员进入洁净区前需经过更衣室、风淋室等净化设施，物料则需通过传递窗或物料净化间进行清洁和消毒后再进入洁净区。
洁净室不同级别之间压差≥5pa，与室外压差≥10pa，保证气流从“清洁”区域流向“污染”区域。
根据实验室的洁净度等级要求选择合适的过滤效率，选用低噪音、高效的通风设备，如风机滤网单元（FFU）、空调机组等，确保室内空气的新鲜和流通。定期对通风设备进行清洗和保养，检查风机的运行状况、皮带的松紧度、过滤器的堵塞情况等，及时发现和解决问题。
安装恒温恒湿空调系统或其他温度控制设备，根据实验室的需求设定合适的温度范围。温度控制系统需要能够迅速响应环境变化，确保实验室内的温度稳定，避免温度波动对实验结果的影响。洁净室内的湿度通常应控制在40%-60%之间，以防止静电或霉菌问题。可通过安装除湿机或加湿器等设备来调节湿度，同时要注意设备的维护和清洁，防止滋生细菌和霉菌。
引入先进的楼宇自动化系统（BAS），实现对温度、湿度、洁净度、压差等环境参数的精准自动控制和实时监测。通过传感器网络收集数据，并利用智能算法自动调节空调系统、通风设备和净化装置的运行状态，以维持稳定的实验环境，减少人为干预带来的误差和不稳定因素。
