PCR实验室是一个相对密闭的空间，所以对室内气流的速度、风量也是有这一定的要求，在保持一定温湿度的同时，还要根据各个试验区域对压力的需求，采取补偿室内排风所需要的新鲜空气量。
有的PCR实验室对洁净度要求比较高，需要在净化机组系统中设置初、中、高效过滤器。
PCR实验室一般采用上送下回式的送风方式。
实验室投入使用前，需要对通风系统中的空气进行监测，达到标准后，才可以投入使用。
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